Dès la découverte du nouveau réseau de l'Aguzou en 1965, les inventeurs se sont efforcés, dans le contexte de l'époque, de conserver intactes les parties les plus cristallisées. Ils ont surtout été confrontés à un véritable dilemme : accueillir du public et préserver la grotte. De ce constat, qui semblait contradictoire au départ, des solutions ont été apportées ou améliorées. Depuis 1988 différentes opérations ont été menées.
Balisage au sol
Le balisage posé au sol, dès les premiers pas dans les nouvelles galeries, a été renouvellé et complété d'abord par du ruban rouge et jaune puis par du fil nylon blanc. Il totalise à l'heure actuelle près d'un kilomètre. Ce balisage est placé aux endroits les plus fragiles et les plus visités.
Nettoyage de projections
Durant les visites, et malgré les mesures prises (progression lente à certains passages), des projections d'argile et de sable peuvent se produire à l'extérieur du balisage. Il faut régulièrement les enlever avec le plus grand soin et beaucoup de patience.
Nettoyage de concrétions
Lors des premières explorations, certains endroits, en dehors du cheminement actuel, ont été salis. Des opérations délicates ont consisté, à l'aide de brosses, pinceaux, éponges ou pulvérisateurs de type "nettoie vitre", de redonner aux concrétions les plus sales leur aspect d'origine.
Effacement de repères
Cette opération menée en l'an 2000, avait pour objectif d'enlever certains points topographiques inesthétiques placés le long du parcours. En revanche, d'autres sont restés en place, témoins des premières explorations spéléologiques.
